პროგრამის ფარგლებში ექიმი-რეპროდუქტოლოგი ახდენს დომინანტური ფოლიკულის პუნქციას, რომელიც მომწიფდა ბუნებრივი მენსტრუალური ციკლის პირობებში. შესაძლებელია პუნქციის ჩატარება ჯანმრთელობისთვის ზიანის გარეშე თუნდაც ყოველთვიურად, კვერცხუჯრედების ან ემბრიონების ბანკინგის ფარგლებში.
ბუნებრივ ციკლში IVF-ის მთავარი უპირატესობაა ჰორმონალური სტიმულაციის არარსებობა, რაც მას აქცევს ერთადერთ ვარიანტად პაციენტებისთვის, ვისთვისაც ჰორმონები შეიძლება უკუნაჩვენები იყოს. ასევე ის შეთავაზებულია გვიანი რეპროდუქტიული ასაკის პაციენტებისთვის შემცირებული ოვარიული რეზერვით, რომელთა საკვერცხეები არ რეაგირებენ ჰორმონალურ სტიმულაციაზე.